Ngày 2 tháng 10 năm 1860, Edward Baker nhậm chức Thượng nghị sĩ Hoa Kỳ, Thượng nghị sĩ đồng nghiệp của ông, Thượng nghị sĩ Joseph Lane, không thích ông ấy rất nhiều mà ông đã từ chối làm theo truyền thống và giới thiệu Baker vào Thượng viện, do Thượng nghị sĩ đến từ đảng Dân chủ Milton Latham từ California đã làm nó.

Ngày 31 tháng 12 năm 1860, Thượng nghị sĩ Judah Benjamin Louisiana lập luận rằng các tiểu bang miền Nam đã có một quyền hiến định ly khai và rằng các quốc gia khác sẽ sớm gia nhập South Carolina, đã ly khai vào ngày 20. Baker bác bỏ lập luận của Benjamin trong một bài phát biểu ba giờ một ngày sau đó. Ông thừa nhận rằng ông đã phản đối sự can thiệp với chủ sở hữu nô lệ ở các bang nô lệ, nhưng anh cũng đã phản đối sự ly khai và mở rộng chế độ nô lệ vào các khu vực mới và tiểu bang. Trong tháng 3 năm 1861, ông cũng chỉ ra sự sẵn sàng thỏa hiệp về một số vấn đề để ngăn chặn sự tan rã của đất nước.

Khi Abraham Lincoln làm Tổng thống

Abraham Lincoln đã được khánh thành vào ngày 04 tháng 3 năm 1861. Baker và Thượng nghị sĩ James A. Pearce Maryland phải đối mặt lạc hậu trong việc chuyên chở tổng thống khi họ cưỡi từ Nhà Trắng tới Capitol, và Lincoln và Tổng thống mãn nhiệm James Buchanan phải đối mặt về phía trước. Trên lưng ngựa ở đầu hộ tống kỵ binh của họ là những người đàn ông sẽ thể hiện nổi bật là chỉ huy của Baker tại trận Bluff Ball. Đại tá Charles P. Stone là một nhân viên Liên minh up-and-coming người chịu trách nhiệm về an ninh ở Washington cho lễ nhậm chức. Đá thúc đẩy con ngựa của mình để kích thích con ngựa khác ở bên hộ tống bởi vì ông tin rằng những con ngựa chồm lên sẽ tạo thành một hàng rào bảo vệ tốt hơn và bảo vệ các vị chức sắc trong việc vận chuyển. Baker giới thiệu Lincoln để khán giả tụ tập trên hiên phía đông của Capitol: "Công dân Fellow, tôi giới thiệu với các bạn, đây là Abraham Lincoln, Tổng thống thứ 16 của Hoa Kỳ và cũng là bạn đã đồng hành với tôi."

Lincoln không ghi tên cho Baker cho nội các của ông vì ủng hộ của ông tại Thượng viện là rất quan trọng. Nếu Baker đã từ chức ghế Thượng viện của ông, ủng hộ chế độ nô lệ thống đốc Dân chủ của bang Oregon, John Whiteaker, sẽ bổ nhiệm một người Dân chủ ủng hộ chế độ nô lệ để thế chỗ ông.